南势湖溪：枋山乡

        塔瓦溪：牡丹乡、台东县达仁乡

        高雄市

        浊水溪：大城乡、云林县麦寮乡

        高屏溪：林园区、屏东县新园乡

        南兴溪：大武乡

        鹿野溪

        大溪：牡丹乡

        三叠溪

        乌万溪（大鸟溪）：大武乡

        重溪

        前镇河：前镇区

        达仁溪：达仁乡

        石牛溪：恆春镇

        典宝溪：梓官区、楠梓区

        彰化县

        二林溪：芳苑乡

        太麻里溪：太麻里乡

        利嘉溪：台东市

        南仁鬱溪：满州乡

        爱河：鼓山区、苓雅区

        屏东县

        二仁溪：南区、高雄市茄萣区

        乌溪：台中市龙井区、彰化县伸港乡

        曾文溪：七区、安南区

        拉布拉溪：太麻里乡

        洋子溪（洋仔厝溪）：鹿港镇

        旧浊水溪：福兴乡

        盐水溪：安南区、安平区

        七溪：七区

        陈有兰溪

        港口溪：满州乡

        朝庸溪：大武乡

        埤日溪：满州乡

        八掌溪：嘉义县布袋镇、台南市北门区

        清水大排水沟（米粉寮溪）：清水区

        高屏溪：高雄市林园区、屏东县新园乡

        急水溪：北门区

        知本溪：太麻里乡、台东市

        后堀溪

        文里溪（北太麻里溪）：太麻里乡

        刣牛溪：恆春镇

        朴子溪：东石乡

        津林溪（加津林溪）：大武乡

        安朔溪：达仁乡、大武乡

        前溪

        八掌溪：布袋镇、台南市北门区

        台东县

        大湖口溪

        社口溪

        水里溪

        南港溪

        二仁溪：台南市南区、高雄市茄萣区

        万丈深坑溪：满州乡

        旗山溪

        鱼寮溪：大城乡

        枋山溪：枋山乡

        鹿寮溪：满州乡

        台南市

        荖溪

        七里溪：枋山乡

        大竹溪：大武乡、太麻里乡

        旭海溪：牡丹乡

        新虎尾溪：麦寮乡、台西乡

        四重溪：车城乡

        猫罗溪

        大武溪：大武乡

        无水溪：满州乡

        保力溪：车城乡

        枫港溪：枋山乡

        郡大溪

        金崙溪：太麻里乡

        南湖溪

        率芒溪（士文溪）：枋寮乡、枋山乡

        万大溪

        加走寮溪

        鹿耳门溪：安南区

        丹大溪

        溪仔口溪：满州乡

        菜寮溪

        社皆坑溪：车城乡

        十里溪：枋寮乡（地图未标示）

        番雅沟：线西乡、鹿港镇

        卡社溪

        浊口溪

        东港溪：新园乡、东港镇

        北港溪：云林县口湖乡、嘉义县东石乡

        阿公店溪：永安区、弥陀区

        龙溪：布袋镇

        云林县

        港子溪：满州乡

        乌溪：龙井区、彰化县伸港乡

        大石盘溪（石盘溪）：枋山乡

        拉库音溪

        志乐溪

        太平溪：台东市

        竹坑溪：枋山乡、车城乡

        浊水溪：彰化县大城乡、云林县麦寮乡

        林边溪：林边乡、佳冬乡

        安良港大排（南势溪）：清水区

        美溪

        合欢溪

        汉宝溪：福兴乡、芳苑乡

        旧虎尾溪：台西乡、四湖乡

        将军溪：北门区、将军区

        嘉义县

        清水溪

        隘寮溪

        后港溪：芳苑乡

        员林大排：鹿港镇、福兴乡

        内寮溪：枋寮乡

        狮子溪：枋山乡

区

        眉溪

        北港溪：口湖乡、嘉义县东石乡

        牛挑湾溪：口湖乡

        乾溪：牡丹乡

        宝来溪

        白水溪

        后劲溪：楠梓区

        卑南溪：台东市

        塔瓦溪：屏东县牡丹乡、台东县达仁乡

        九棚溪：满州乡