文里溪（北太麻里溪）：太麻里乡

        合欢溪

        利嘉溪：台东市

        乾溪：牡丹乡

        曾文溪：七区、安南区

        三叠溪

        乌万溪（大鸟溪）：大武乡

        东港溪：新园乡、东港镇

        牛挑湾溪：口湖乡

        屏东县

        浊水溪：彰化县大城乡、云林县麦寮乡

        旗山溪

        四重溪：车城乡

        朝庸溪：大武乡

        大武溪：大武乡

        枋山溪：枋山乡

        北港溪：云林县口湖乡、嘉义县东石乡

        浊口溪

        嘉义县

        二仁溪：南区、高雄市茄萣区

        南仁鬱溪：满州乡

        盐水溪：安南区、安平区

        美溪

        狮子溪：枋山乡

        乌溪：台中市龙井区、彰化县伸港乡

        港口溪：满州乡

        南港溪

        爱河：鼓山区、苓雅区

        溪仔口溪：满州乡

        林边溪：林边乡、佳冬乡

        旧浊水溪：福兴乡

        二仁溪：台南市南区、高雄市茄萣区

        清水大排水沟（米粉寮溪）：清水区

        志乐溪

        津林溪（加津林溪）：大武乡

        太平溪：台东市

        十里溪：枋寮乡（地图未标示）

        大石盘溪（石盘溪）：枋山乡

        安良港大排（南势溪）：清水区

        二林溪：芳苑乡

        朴子溪：东石乡

        后堀溪

        达仁溪：达仁乡

        旧虎尾溪：台西乡、四湖乡

        台东县

        郡大溪

        典宝溪：梓官区、楠梓区

        埤日溪：满州乡

        鹿耳门溪：安南区

        安朔溪：达仁乡、大武乡

        丹大溪

        猫罗溪

        塔瓦溪：牡丹乡、台东县达仁乡

        鱼寮溪：大城乡

        拉库音溪

        重溪

        急水溪：北门区

        九棚溪：满州乡

        八掌溪：布袋镇、台南市北门区

        南湖溪

        七溪：七区

        石牛溪：恆春镇

区

        南势湖溪：枋山乡

        港子溪：满州乡

        鹿野溪

        社口溪

        荖溪

        后劲溪：楠梓区

        内寮溪：枋寮乡

        浊水溪：大城乡、云林县麦寮乡

        水里溪

        塔瓦溪：屏东县牡丹乡、台东县达仁乡

        彰化县

        刣牛溪：恆春镇

        万丈深坑溪：满州乡

        后港溪：芳苑乡

        太麻里溪：太麻里乡

        七里溪：枋山乡

        阿公店溪：永安区、弥陀区

        金崙溪：太麻里乡

        大湖口溪

        无水溪：满州乡

        卑南溪：台东市

        龙溪：布袋镇

        高屏溪：高雄市林园区、屏东县新园乡

        员林大排：鹿港镇、福兴乡

        眉溪

        加走寮溪

        前溪

        保力溪：车城乡

        知本溪：太麻里乡、台东市

        八掌溪：嘉义县布袋镇、台南市北门区

        宝来溪

        白水溪

        清水溪

        社皆坑溪：车城乡

        前镇河：前镇区

        台南市

        汉宝溪：福兴乡、芳苑乡

        枫港溪：枋山乡

        菜寮溪

        北港溪：口湖乡、嘉义县东石乡

        率芒溪（士文溪）：枋寮乡、枋山乡

        高雄市

        高屏溪：林园区、屏东县新园乡

        大溪：牡丹乡

        鹿寮溪：满州乡

        隘寮溪

        云林县

        拉布拉溪：太麻里乡

        南兴溪：大武乡

        将军溪：北门区、将军区

        乌溪：龙井区、彰化县伸港乡

        旭海溪：牡丹乡

        竹坑溪：枋山乡、车城乡

        新虎尾溪：麦寮乡、台西乡

        大竹溪：大武乡、太麻里乡

        卡社溪

        番雅沟：线西乡、鹿港镇

        陈有兰溪

        洋子溪（洋仔厝溪）：鹿港镇

        万大溪